在《鯊卷風5》引發的全球生態浩劫后，人類文明瀕臨崩潰邊緣。經驗豐富的鯊魚獵人芬·謝潑德發現常規武器已無法應對變異生物威脅，被迫研發出更強大的等離子電鋸。當史無前例的巨型鯊魚怪獸Sharkzilla橫掃各大洲時，芬與海洋生物學家艾莉、發明家新納德等老戰友意外被時空漩渦卷入平行維度。在此過程中，一位來自未來的人工智能科學家突然現身，揭示Sharkzilla實為失控的時間循環產物。眾人通過量子糾纏裝置穿越七個時空節點，在倫敦塔橋、撒哈拉沙漠和南極冰蓋等不同時空坐標與Sharkzilla展開殊死搏斗。最終芬啟動反物質電鋸核心，在摧毀怪獸的同時重組時空連續體，使地球生態恢復至鯊卷風災難前狀態。當最后一片變異鱗片消失在量子真空，人類文明得以延續至新的紀元。