黑色孤兒第三季中，克隆人姐妹團(tuán)聚后再度面臨致命危機(jī)。Sarah與同伴們?cè)谏钊胝{(diào)查Dyad研究所的陰謀時(shí)，揭開了代號(hào)"Castor計(jì)劃"的軍事項(xiàng)目——由Coady博士主導(dǎo)、以制造致命男性克隆人軍團(tuán)為核心的絕密工程。這些經(jīng)過(guò)基因優(yōu)化的士兵被植入戰(zhàn)斗本能，其存在背后隱藏著針對(duì)女性克隆人（Project LEDA）的終極陰謀。被困Castor設(shè)施的Helena陷入雙重困境：既要對(duì)抗軍事化囚禁，又因與Sarah的情感裂痕產(chǎn)生身份認(rèn)同危機(jī)。與此同時(shí)，Alison在郊區(qū)經(jīng)營(yíng)的謀殺主題餐飲業(yè)暗藏致命交易風(fēng)險(xiǎn)，而Cosima通過(guò)破解克隆人基因缺陷密碼發(fā)現(xiàn)了解決方案的關(guān)鍵——但必須與時(shí)間賽跑。隨著Sarah的女兒Kira展現(xiàn)特殊能力，克隆人群體逐漸意識(shí)到彼此命運(yùn)的深層關(guān)聯(lián)，并在對(duì)抗Coady博士及其勢(shì)力的過(guò)程中，被迫直面各自作為實(shí)驗(yàn)品存在的終極真相。