五年的追逐化為泡影，隨著X檔案的關閉，福克斯·穆德（大衛·杜楚尼 David Duchovny飾）和丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson飾）被迫調任處理日常案件。某天，美國得州達拉斯市發生爆炸案，兩人雖盡力疏散人群仍造成四人死亡，并因此受上級批評。穆德隨后發現死者早在爆炸前即已死亡，整個事件竟是某神秘部門為掩蓋外星人研究證據而制造的騙局。該部門長期秘密進行與外星病毒相關的實驗，其研究成果可能引發人類滅頂之災。搭檔二人深入調查時持續遭遇神秘力量阻撓，最終在達拉斯廢棄醫院發現藏匿的地下外星生物實驗設施，并獲取被隱藏的感染尸體與病毒樣本。雖然成功揭露陰謀，但外星威脅仍暗流涌動，迫使二人繼續踏上尋求真相之路。本片為同名美劇首部劇場版，延續了電視劇集的核心沖突與敘事風格。