五年的追逐化為泡影,隨著X檔案的關閉,福克斯·穆德(大衛·杜楚尼 David Duchovny飾)和丹娜·斯科莉(吉蓮·安德森 Gillian Anderson飾)被迫調任處理日常案件。某天,美國得州達拉斯市發生爆炸案,兩人雖盡力疏散人群仍造成四人死亡,并因此受上級批評。穆德隨后發現死者早在爆炸前即已死亡,整個事件竟是某神秘部門為掩蓋外星人研究證據而制造的騙局。該部門長期秘密進行與外星病毒相關的實驗,其研究成果可能引發人類滅頂之災。搭檔二人深入調查時持續遭遇神秘力量阻撓,最終在達拉斯廢棄醫院發現藏匿的地下外星生物實驗設施,并獲取被隱藏的感染尸體與病毒樣本。雖然成功揭露陰謀,但外星威脅仍暗流涌動,迫使二人繼續踏上尋求真相之路。本片為同名美劇首部劇場版,延續了電視劇集的核心沖突與敘事風格。