1997年超級(jí)電腦煉金之星預(yù)測(cè)地球?qū)⒈黄茐恼衼?lái)體消滅,人類據(jù)此組建全球防御組織GUARD及其精銳戰(zhàn)斗部隊(duì)XIG。2000年,天才少年高山我夢(mèng)在實(shí)驗(yàn)中目睹神秘紅色光之巨人。當(dāng)破壞招來(lái)體首次入侵時(shí),XIG常規(guī)武器失效,我夢(mèng)墜入光之隧道與巨人重逢,并獲得其力量完成合體。新生的蓋亞奧特曼成功擊退敵人,我夢(mèng)隨后加入XIG成為正式隊(duì)員。與此同時(shí),青年藤宮博也覺醒為另一巨人阿古茹的人間體。兩位光之戰(zhàn)士在后續(xù)對(duì)抗勒比克星人、索菲亞等破壞招來(lái)體成員的戰(zhàn)斗中逐漸建立聯(lián)系,最終發(fā)現(xiàn)雙方共同面對(duì)著威脅全宇宙的根源破壞神。在地球即將被次元裂縫吞噬的關(guān)鍵時(shí)刻,蓋亞與阿古茹聯(lián)手施展至高光線消滅終極敵人,成功守護(hù)了地球與宇宙的和平。