隋朝末年天下大亂,各路諸侯割據。十三名出身各異的平民因戰亂家破人亡,遁入少林寺為僧。太尉王世充野心篡權,屠戮異己并頒布禁武令,其侄王仁則與義子王仁義肆虐武林,逼迫少林寺武術總教頭曇宗效命。王世充嫁禍曇宗殺害江都督造張衡全家,致使其子張天保攜暗器復仇;又抄沒洛陽首富高達滿門,僅高飛揚幸存學藝。賣藝人佟銳兄妹遭王仁則強擄,周錦福仗義相助卻卷入紛爭。曇宗為護寺濟民創"羅漢奇門棍陣",歷盡艱險收張天保、高飛揚、佟銳、周錦福等十三人組成陣法。李世民討伐王世充時遭擒,曇宗率十三棍僧夜闖天牢營救,并力戰禁軍勸降王世充。平定洛陽后,李世民欲封曇宗為大將軍,然其秉持佛心歸隱少林振興武學。張天保與王世充女兒的婚約糾葛、高飛揚寄身虎穴等支線情節交織,最終成就十三棍僧助唐開國的歷史傳奇。