紐約FBI團隊在第六季中調查一起惡性爆炸案，該事件導致多名無辜民眾傷亡。以弗林為首的特工小組通過現場勘查與情報追蹤，逐步鎖定涉案嫌疑人并揭露其作案動機。與此同時，新晉成員斯科拉斯面臨重大個人挑戰——在執行高危任務期間遭遇女兒突發疾病，不得不頻繁往返于案發現場與醫院之間。資深探員博斯與桑托斯協助其兼顧工作職責，隊長麥迪遜則破例允許彈性任務分配。調查過程中團隊發現爆炸裝置殘留物與軍火黑市存在關聯，最終通過跨州協作成功搗毀犯罪網絡。斯科拉斯在案件告破后選擇調整工作強度，與妻子共同制定新的育兒方案。