《黑暗之風第三季》時間線推進至第二季事件六個月后，納瓦霍警察局警官喬·利福恩與吉姆·奇共同調查亞利桑那州荒漠中兩名少年離奇失蹤案，現場僅遺留一輛被遺棄的自行車與沾染血跡的土地作為線索。與此同時，調任至500英里外邊境巡邏隊的伯納黛特·曼努麗托試圖適應新環境，卻意外發現橫跨美墨邊境的人口與毒品走私網絡，并牽扯出涉及多方勢力的復雜陰謀。兩條調查主線逐漸交匯，揭露了隱藏在西南部荒野中的犯罪產業鏈與權力腐敗問題。