緬因貓獸的暴走引發數碼世界重啟后，芽心陷入困惑與自責。太一、大和等人前往數碼世界尋找答案，卻發現搭檔數碼獸們失去所有記憶。面對失憶的伙伴，孩子們主動伸出手重建羈絆，但比丘獸即便進化為成長期仍保持戒備態度。當空因受傷而遲疑時，太一和大和未能找到安慰的話語，比丘獸更對空的善意表現出排斥。眾人商討在數碼世界的行動方向時，緬因貓獸突然現身又消失，他意外保留原有記憶執著尋找芽心的舉動令眾人決心展開救援。此時驅使黑暗四天王的神秘男子現身阻撓，其真實身份與過往威脅數碼世界的勢力存在關聯。現實世界中西島刑警調查姬川失蹤案時，發現其長期行動暗藏目的性，并牽扯出影響兩人命運的往事——這段過去與數碼世界危機存在深層聯系。孩子們在雙重困境下繼續著尋找真相的旅程，試圖解開記憶之謎與命運羈絆。