18世紀南美洲叢林中，西班牙耶穌會傳教士嘉比爾受命前往瓜拉尼族聚居區建立教會。途中他遇到因手足相殘而深陷懺悔的奴隸販子羅多薩，后者自愿隨行以期通過苦修獲得救贖。兩人在險峻雨林中共同克服自然與人性的雙重考驗，逐步建立起以信仰和音樂為紐帶的傳教社區。然而當教會初具規模時，葡萄牙與西班牙因殖民地劃界矛盾爆發武裝沖突。兩國軍隊闖入傳教區爭奪土地資源，原本依靠宗教庇護的瓜拉尼族與傳教士陷入戰火。最終西班牙在外交壓力下背棄承諾撤回保護，葡萄牙雇傭軍對教會發動血腥清剿。羅多薩與嘉比爾帶領原住民進行絕望抵抗，整片叢林在炮火中化作血色煉獄。