未來世界，感染X病毒的惡魔黨攜帶赤盾武器席卷地球，僅七日便攻陷半數領土。人類在最后保留地掙扎求生時，國際科學技術廳（ISO）的南部博士發現神秘隕石能激活特定人群的超能力。經篩選，鷲尾健（松坂桃李飾）、大月純（剛力彩芽飾）等人被招募為科學忍者隊，經歷嚴苛訓練后掌握鳥型變身裝甲與特殊武器。戰斗中，健的舊友淺倉喬治（綾野剛飾）加入隊伍，并受命保護叛逃的惡魔黨高層伊利亞（中村獅童飾）以獲取LastSuicide計劃情報。隨著任務推進，團隊發現該武器足以摧毀地球生態平衡，而惡魔黨首領的真實身份竟與健的過往存在隱秘關聯。在伊利亞提供核心數據后，科學忍者隊突襲惡魔黨總部展開決戰，最終以巨大代價瓦解了吞噬世界的陰謀。