《星球大戰：異等小隊第二季》承接第一季結尾卡米諾事件數月后，克隆人特遣隊“異等小隊”繼續在銀河帝國統治下執行危險的雇傭兵任務。這支由基因突變克隆人士兵組成的特殊小隊穿梭于帝國勢力范圍，在完成賞金任務過程中遭遇新舊盟友與敵人。小隊核心成員包括擅長偽裝的隊長獵人、狙擊手回聲、爆破專家炸藥與醫療兵科技，他們持續探索帝國對克隆人軍團的控制真相。本季中，小隊成員歐米茄（由米歇爾·洪配音）的神秘身世與帝國秘密計劃的關聯逐漸浮出水面，其生存成為多方勢力爭奪的關鍵。任務過程中，小隊與經營地下網絡的女性商人齊德（瓦娜·塞基斯配音）建立合作，同時面對帝國高級指揮官蘭帕特（諾希爾·達拉爾配音）針對克隆人展開的追捕行動。隨著任務范圍擴展至未知星域，小隊不得不在帝國壓迫與道德抉擇間尋找平衡。