鐵空事件發生20年后，前納粹月球基地已成為人類最后的避難所。地球表面因核戰爭徹底荒蕪，但深埋地下的Vril族遺跡中潛藏著足以拯救或毀滅人類的遠古能量。前作反派柯茨弗雷德上尉帶領幸存者深入地心世界，揭開人類文明起源與Vril族改造實驗的關聯。這個古老的變形爬行動物種族在冰河時期便統治地球，其培育的恐龍軍團成為對抗人類的主要戰力。探險隊在空心地底發現納粹遺留的星際航行裝置，被迫與Vril族展開決戰。通過結合月球基地科技與地心能量核心，人類最終摧毀了Vril族的生物武器系統，并利用反物質引擎將納粹戰艦殘骸改造成生態方舟，為重返地表創造可能。