《命運之夜——天之杯Ⅱ：迷失之蝶》改編自TYPE-MOON經典游戲《Fate/stay night》的HF線，為該路線動畫劇場版三部曲第二章。故事延續女主角間桐櫻的視角，展現圍繞能實現愿望的圣杯而展開的殘酷戰爭。十年后冬木市再度爆發的"圣杯戰爭"因御三家之一間桐臟硯的介入而扭曲失控，其操控櫻體內的刻印并制造黑影怪物侵蝕城市。衛宮士郎雖在戰斗中身受重傷且失去英靈Saber，仍堅持作為御主為守護櫻而戰。面對逐漸黑化的櫻與日益惡化的戰場局勢，士郎不得不與其他陣營暫時聯手對抗臟硯。與此同時，櫻在自我意識與刻印支配的撕裂中掙扎，其內心對士郎的情感成為抗衡宿命的重要力量。各方勢力的角力最終揭示了圣杯戰爭被污染的本質，而士郎與櫻的命運羈絆也在戰火中愈發緊密。