1926年紐約，麻雞反魔法師瑪麗露·格林姆斯領導的極端組織頻繁制造沖突，導致魔法世界瀕臨暴露危機。魔法動物學家紐特·斯卡曼德攜裝有數十種神奇動物的魔法箱抵達紐約，被前傲羅女巫蒂娜·戈德斯坦監視。麻雞面包師雅各布意外調換紐特的箱子，導致箱中暴躁的雷鳥、隱形獸等魔法生物集體逃逸。紐特與蒂娜及其妹妹奎妮組成臨時團隊展開追蹤，在回收護樹羅鍋等生物過程中，揭露了瑪麗露利用孤兒進行黑魔法實驗的真相。最終決戰中隱形獸引發紐約魔法災難，紐特用雷鳥成功化解危機。瑪麗露身份被揭穿為黑巫師蓋勒特·格林德沃的追隨者，其肉體在儀式中被格林德沃借尸還魂后逃脫。紐特將魔法生物重新收容，與蒂娜建立深厚羈絆后啟程繼續環球研究之旅。