這是一個外星人和地球人混居的時代，在外星移民的壓迫和統治下，流傳百年的武士道精神已然沒落。家道中落的青年志村新八在一場意外中結識了萬事屋老板坂田銀時和天人少女神樂，三人成為好友。他們共同的朋友桂小太郎無故失蹤后，調查逐漸揭開真相：一把名為“紅纓”的妖刀正在吞噬使用者心智，并通過操控其持有者岡田似藏實施破壞計劃。紅纓背后的真正黑手是曾為攘夷志士的高杉晉助，他因目睹世界墮落而決心將其徹底毀滅。隨著妖刀力量的失控膨脹，整個大江戶陷入存亡危機。銀時一行人聯合舊識武市變平太等勢力，在紅纓完全覺醒前展開最終對決，通過破壞妖刀核心粉碎了高杉的復仇計劃，暫時守護了街道的和平。