在第二次新吉恩戰爭（夏亞的叛亂）終結后，地球圈迎來短暫和平。UC0096年，在工業殖民地"工業7號"展開比斯特財團與新吉恩殘黨軍"袖付"的秘密交涉：前者擬將地球聯邦政府的最高機密"拉普拉斯之箱"移交后者。安納海姆工業專門學校學生巴納吉·林克斯偶遇自稱奧黛麗·本的少女（實為舊吉恩公國次男多茲魯之女美耐巴·扎比），得知"拉普拉斯之箱"的公開將引發新戰爭。少年多次協助奧黛麗阻止交易，期間兩人漸生情愫。地球聯邦軍察覺交涉后介入引發激烈沖突，工業殖民地陷入戰火。巴納吉與同伴避難途中遭遇比斯特財團當家卡迪阿斯·比斯特，后者瀕死時揭露其生父為聯邦高官，并將開啟拉普拉斯之箱的鑰匙——搭載NT-D系統的機動戰士高達獨角獸托付給巴納吉。該系統與新人類精神感應框架的同步能力，使巴納吉成為各方爭奪焦點。圍繞記載0090年聯邦與吉恩議和秘密文書的拉普拉斯之箱，聯邦軍、袖付及獨立勢力展開最終對決，地球與宇宙的統治秩序因機密文件公開而發生根本性動搖。