在第二次新吉恩戰(zhàn)爭(zhēng)（夏亞的叛亂）終結(jié)后，地球圈迎來(lái)短暫和平。UC0096年，在工業(yè)殖民地"工業(yè)7號(hào)"展開(kāi)比斯特財(cái)團(tuán)與新吉恩殘黨軍"袖付"的秘密交涉：前者擬將地球聯(lián)邦政府的最高機(jī)密"拉普拉斯之箱"移交后者。安納海姆工業(yè)專門(mén)學(xué)校學(xué)生巴納吉·林克斯偶遇自稱奧黛麗·本的少女（實(shí)為舊吉恩公國(guó)次男多茲魯之女美耐巴·扎比），得知"拉普拉斯之箱"的公開(kāi)將引發(fā)新戰(zhàn)爭(zhēng)。少年多次協(xié)助奧黛麗阻止交易，期間兩人漸生情愫。地球聯(lián)邦軍察覺(jué)交涉后介入引發(fā)激烈沖突，工業(yè)殖民地陷入戰(zhàn)火。巴納吉與同伴避難途中遭遇比斯特財(cái)團(tuán)當(dāng)家卡迪阿斯·比斯特，后者瀕死時(shí)揭露其生父為聯(lián)邦高官，并將開(kāi)啟拉普拉斯之箱的鑰匙——搭載NT-D系統(tǒng)的機(jī)動(dòng)戰(zhàn)士高達(dá)獨(dú)角獸托付給巴納吉。該系統(tǒng)與新人類精神感應(yīng)框架的同步能力，使巴納吉成為各方爭(zhēng)奪焦點(diǎn)。圍繞記載0090年聯(lián)邦與吉恩議和秘密文書(shū)的拉普拉斯之箱，聯(lián)邦軍、袖付及獨(dú)立勢(shì)力展開(kāi)最終對(duì)決，地球與宇宙的統(tǒng)治秩序因機(jī)密文件公開(kāi)而發(fā)生根本性動(dòng)搖。