托馬斯（迪倫·奧布萊恩飾）、米諾（李基弘飾）一行人在逃離迷宮后，被自稱庇護所的神秘機構(gòu)收容。該機構(gòu)由表里不一的詹森（艾丹·吉倫飾）管理，表面上為幸存者提供安全環(huán)境，實則要求幽地斗士們在醫(yī)療實驗室接受強制測試。詹森向托馬斯承諾，完成實驗后會將他們送往與"閃焰癥病毒"免疫者共同生活的安全區(qū)，但愈發(fā)詭異的實驗流程和失蹤同伴的線索令托馬斯起疑。在發(fā)現(xiàn)機構(gòu)走廊刻滿感染者死亡倒計時標記后，團隊決定二次突圍。逃亡過程中他們遭遇被病毒徹底侵蝕的感染者群體，并與反抗者漢娜團體匯合，得知詹森所屬組織WCKD實為制造病毒的元兇。最終眾人穿越被烈日灼燒的焦土廢墟，在感染者圍攻下抵達看似安全的"末日避難所"，卻發(fā)現(xiàn)這個標榜拯救人類的空間正在系統(tǒng)性篩選免疫者以研發(fā)解藥。托馬斯因體內(nèi)特殊抗體成為關(guān)鍵目標，其身份真相與組織陰謀的揭露徹底顛覆了幸存者對"拯救計劃"的認知。