人類大規模宇宙殖民導致人口膨脹至五千億時，地球因歸鄉戰爭實施蓋亞制裁禁止人類踏足。前聯合艦隊艦長哈洛克（小栗旬配音）背叛禁令，駕駛阿爾卡迪亞號成為百年通緝犯。聯合艦隊長官伊索拉（森川智之配音）派遣弟弟亞馬（三浦春馬配音）潛入艦船，探查尼伯龍根人永動機的秘密。哈洛克帶領船員突破太陽系封鎖奔向地球，實為揭露地球政府掩蓋外星文明真相的陰謀。亞馬最終與哈洛克正面交鋒，永動機核心的能量釋放令地球政府被迫承認人類起源真相。隨著蓋亞制裁被廢除，這場跨越星際的對抗以震撼宇宙的認知革命告終。影片改編自松本零士經典科幻漫畫，通過星際航行與文明存續命題探討人性本質。