人類大規模宇宙殖民導致人口膨脹至五千億時,地球因歸鄉戰爭實施蓋亞制裁禁止人類踏足。前聯合艦隊艦長哈洛克(小栗旬配音)背叛禁令,駕駛阿爾卡迪亞號成為百年通緝犯。聯合艦隊長官伊索拉(森川智之配音)派遣弟弟亞馬(三浦春馬配音)潛入艦船,探查尼伯龍根人永動機的秘密。哈洛克帶領船員突破太陽系封鎖奔向地球,實為揭露地球政府掩蓋外星文明真相的陰謀。亞馬最終與哈洛克正面交鋒,永動機核心的能量釋放令地球政府被迫承認人類起源真相。隨著蓋亞制裁被廢除,這場跨越星際的對抗以震撼宇宙的認知革命告終。影片改編自松本零士經典科幻漫畫,通過星際航行與文明存續命題探討人性本質。