忍者神龜被一把神秘魔杖意外傳送至17世紀的日本封建時代，發現邪惡武士Norinaga勛爵正企圖利用魔杖蘊含的強大時空能量征服古代日本并入侵現代紐約。為阻止這場跨越時代的雙重危機，四只神龜與當地反抗勢力結盟，在江戶幕府時期的戰場中展開激戰。他們必須從Norinaga手中奪回魔杖，破解其時空扭曲機制，同時在限定時間內修復時間線裂縫。經過多次正面對抗與戰術迂回，神龜們最終在決戰中摧毀魔杖的核心能量源，成功將自身與失控的時空效應分離。當Norinaga因濫用魔杖反噬而湮滅后，神龜們借助殘留的時空碎片返回現代紐約，在城市恢復正常的同時，將魔杖殘骸封存于下水道秘密基地以絕后患。