年輕的X教授查爾斯（詹姆斯·麥卡沃伊飾）與萬磁王埃里克（邁克爾·法斯賓德飾）早年因共同發現變種能力而結盟，與其他變種人受CIA招募執行任務。納粹戰犯肖（凱文·貝肯飾）為引發人類滅絕危機，操控蘇聯制造古巴導彈對峙事件。查爾斯與埃里克帶領團隊在海域戰場直面肖及其變種人追隨者，通過聯手對抗終使肖伏誅。然而沖突中埃里克目睹人類極端敵意，逐漸認同肖關于變種人必須主動掌控命運的激進理念。古巴戰役終結時，雙方因立場根本對立而分裂：查爾斯堅持通過教育促進和平共存，埃里克則以暴力手段推動變種人統治地位。核心沖突的解決伴隨兩人宿命決裂，奠定后續X戰警與變種人兄弟會長期對抗的根基。