神秘的EVA零號機駕駛員綾波麗在與碇元度約定之時，來到NERV底層中央教條的紅色水池邊。她的命運似乎將在人類補完計劃中迎來終結時刻。危急關頭，葛城美里既要完成加持良治交代的"第二次浩劫"真相與"人類補完計劃"探查任務，又需保護碇真嗣與明日香，并防備SEELE對初號機、二號機的物理接觸。出于對碇元度的憎恨，赤木律子接受SEELE引爆MAGI系統的提案，但最終被SEELE操控的自衛隊擊斃。長期與SEELE共事的碇元度、冬月耕造及碇唯所謀劃的"人類補完計劃"在多重勢力博弈中推進：真嗣啟動初號機引發第三次浩劫，導致人類靈魂統一于莉莉絲之卵。當真嗣在精神領域目睹母親靈魂后，最終拒絕延續計劃，在明日香與綾波麗的陪伴下選擇讓人類繼續以肉體形式存續。