1988年7月關東地區新型炸彈爆炸引發第三次世界大戰，31年后人類在廢墟上重建新東京。2019年夜晚，暴走族頭目金田與好友鐵雄飆車時遭遇神秘矮個男子。鐵雄為避讓該人失控飛出公路，軍方隨即出動直升機拘捕矮個男子與鐵雄。被囚禁的鐵雄卷入超能力研究計劃，逐漸覺醒強大異能并失去控制。金田在營救過程中發現軍方秘密實驗與三十年前摧毀東京的超能存在"阿基拉"有關，暴走族成員開始追查真相。隨著鐵雄異能失控引發連鎖爆炸，新東京陷入全面暴亂。最終在軍方鎮壓、反叛組織與失控超能的三方沖突中，鐵雄突破空間界限觸及宇宙本源意識，其暴漲的能量將新東京徹底摧毀。金田通過接觸引導鐵雄回歸現實，在城市廢墟上完成能量釋放，終結了阿基拉力量引發的毀滅循環。