哥斯拉掉入三原山之后，日本過了5年平安的日子。自衛隊為應對哥斯拉再度威脅，以哥斯拉細胞研發抗核細菌（ANB），并改造超級武器Super_X為SuperX2。期間三原山地質活動異常，關東地區頻發地震。白神博士因女兒細胞與玫瑰細胞融合實驗失敗后，將哥斯拉細胞注入新植株形成不死植物碧奧蘭蒂。實驗體在蘆之湖事件中意外巨大化并逃離控制，同時三原山劇烈爆發。哥斯拉從火山口重生后向東京進發，SuperX2攔截作戰中被迫轉移攻擊路線失敗。最終哥斯拉徑直逼近碧奧蘭蒂所在的戰斗區域，兩者展開激烈對抗。在持續交鋒中，抗核細菌開始生效削弱哥斯拉能量，SuperX2趁機發動最后一擊，迫使受傷的哥斯拉撤退回太平洋。