邪惡的可汗從十五年前被寇克船長流放至荒蕪行星的囚禁中逃脫，這位曾統治地球的智勇領袖因妻死流放而淪為瘋狂復仇者。他劫持聯邦戰艦Reliant號后，發現其正執行絕密的創世裝置測試任務——這項由寇克前妻卡蘿及兒子大衛參與研發的武器能重構行星生態。可汗挾持科學家父子破解裝置密碼，借模擬求救信號誘使企業號駛入小行星帶陷阱。在雙方交火中，可汗啟動創世裝置倒計時意圖同歸于盡，寇克則利用其狂妄心理反制對方艦橋系統。最終企業號成功撤離，失控的創世裝置在鄰近無人行星引爆，重塑地貌的同時將可汗及其戰艦永遠困于新生的熔巖世界。