絕地武士戰勝西斯學徒后十年，銀河共和國再次面臨威脅。前絕地武士杜庫伯爵（克里斯托弗·李飾）鼓動數千星系與共和國決裂，并籌建大批機器人軍隊為政變做準備。納布星的阿米達拉（娜塔莉·波特曼飾）結束女王任期后以議員身份抵達考路斯坎星，決意為組建共和軍隊投出關鍵一票。歐比-旺·肯諾比（伊萬·麥克格雷格飾）攜長大了的阿納金（海登·克里斯滕森飾）奉命保護阿米達拉的安全。在阿納金護送阿米達拉返回納布星避難的途中，二人情愫暗生，決定共同前往塔圖因星尋找阿納金之母。與此同時，歐比-旺追查刺客行跡一路深入吉諾西斯星，發現了杜庫伯爵與幕后黑手帕爾帕廷議長共同策劃的克隆人軍隊陰謀，自己卻深陷囹圄，危在旦夕。阿納金最終找到淪為奴隸的母親帕德梅，卻目睹她因遭受折磨而死去。歐比-旺與被困的絕地同伴及阿米達拉共同被解救后，共和國借克隆人軍隊發動全面戰爭，銀河系陷入持續數年的軍事沖突。