經過與一十一（神木隆之介飾）的惡戰，瀨文焚流（加瀨亮飾）身受重傷，命幾不保。在此期間，青池里子（栗山千明飾）隨女兒小潤（森山樹飾）悄然離開醫院；而各國政要的一次關于簡單計劃的秘密會議上，自稱卑彌呼的日本代表抹殺所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人類宣戰。世態險惡的當下，瀨文急急出院，和當麻紗綾（戶田惠梨香飾）一同調查青池母女的行蹤，發現小潤竟是前人類滅絕前誕生的關鍵后代；而野野村組長（龍雷太飾）則獨自行動，查找簡單計劃病毒疫苗的下落以阻止卑彌呼通過空氣傳播消滅普通人類的種族清洗。新的SPEC持有者交替登場，殘酷的殺戮卻從未停止。關于前人類的秘密昭然若揭，卑彌呼操控內閣官房長官身份推動戰爭機器，野野村最終以生命為代價取得疫苗卻遭背叛。慘烈浩大的人種戰爭即將拉開序幕，SPEC之力與人類命運的終極博弈全面爆發……本片為SPEC系列完結篇的前篇。