公元2199年,地球遭受宇宙帝國加米拉斯的持續侵略。冥王星基地發射的游星炸彈使地球生態瀕臨崩潰,人類被迫遷入地下都市茍延殘喘。在最后主力艦隊全軍覆沒之際,一艘來自外星的漂流艙被發現于火星表面,內藏伊斯坎達爾文明提供的救援信息——可清除放射能污染的宇宙清潔裝置D及配套波動引擎設計圖。地球防衛軍將尚未完工的大和號戰艦改裝為搭載新型引擎的宇宙戰艦,背負著人類最后希望啟程穿越14萬8千光年的星際航路。面對加米拉斯艦隊的持續追擊,大和號突破銀河鐵路等宇宙屏障,在伊斯坎達爾星取得凈化裝置并成功返回地球。歷時265天的星際遠征最終扭轉了人類滅絕的命運,通過裝置啟動徹底清除了行星表面輻射污染,為地表文明重建創造了條件。