公元2199年，地球遭受宇宙帝國加米拉斯的持續(xù)侵略。冥王星基地發(fā)射的游星炸彈使地球生態(tài)瀕臨崩潰，人類被迫遷入地下都市茍延殘喘。在最后主力艦隊全軍覆沒之際，一艘來自外星的漂流艙被發(fā)現(xiàn)于火星表面，內(nèi)藏伊斯坎達爾文明提供的救援信息——可清除放射能污染的宇宙清潔裝置D及配套波動引擎設(shè)計圖。地球防衛(wèi)軍將尚未完工的大和號戰(zhàn)艦改裝為搭載新型引擎的宇宙戰(zhàn)艦，背負著人類最后希望啟程穿越14萬8千光年的星際航路。面對加米拉斯艦隊的持續(xù)追擊，大和號突破銀河鐵路等宇宙屏障，在伊斯坎達爾星取得凈化裝置并成功返回地球。歷時265天的星際遠征最終扭轉(zhuǎn)了人類滅絕的命運，通過裝置啟動徹底清除了行星表面輻射污染，為地表文明重建創(chuàng)造了條件。