1997年超級電腦煉金之星預(yù)測地球?qū)⒃馄茐恼衼眢w滅絕,人類據(jù)此建立全球防御組織GUARD及其戰(zhàn)斗主力XIG。2000年天才少年高山我夢實(shí)驗(yàn)中目睹紅色光之巨人蓋亞,面對破壞招來體首波入侵時(shí)墜入光之隧道與巨人融合。獲得蓋亞力量的我夢成功擊退敵人后加入XIG,同期出現(xiàn)另一巨人阿古茹及其適能者藤宮博也。兩位光之巨人初期因理念分歧各自為戰(zhàn),后期在對抗原生種納加法爾特等更強(qiáng)大威脅時(shí)逐漸協(xié)作。劇情貫穿XIG與兩種巨人共同抵御多波次外星入侵,最終決戰(zhàn)中蓋亞與阿古茹聯(lián)手消滅終極威脅納加法爾特,以光之力量守護(hù)地球存續(xù)。