《秦時明月之萬里長城》承接機關城崩塌后的故事,墨家殘余勢力轉入地下抗爭。秦始皇在完成六國統一后,表面上營造太平盛世幻象,實則借修筑萬里長城與陰陽家共同打造巨型蜃樓船。該艦艇被渲染為通向仙山的方舟,實則承載著秦始皇追求長生不老的核心機密。天明、少羽在蓋聶與衛莊的護送下潛入儒家禁地,在此接受儒學教化并覺醒武學天賦。桑海城作為蜃樓建造基地,逐漸成為諸子百家明爭暗斗的漩渦中心:墨家隱秘勢力聯合流亡俠士策劃破壞工程,儒家內部因理念分歧產生裂痕,陰陽家則以五行傀儡術維持工地秩序。隨著蜃樓竣工日期逼近,各方勢力的較量在儒家莊園爆發,天明少羽被迫提前結束隱居生活,在機緣巧合下獲得墨家機關術傳承。最終蜃樓如期出航時,主角團已掌握其真實航線與秦始皇的永生陰謀,為后續諸子百家聯合抗秦埋下伏筆。