在《機動戰士高達00第二季》中，故事發生在天人組織與人類聯盟軍決戰的四年之后。世界表面由三大國家聯盟統一為聯合政府，但實際權力被軍方秘密組織A-LAWS掌控。該組織以暴力手段鎮壓一切反政府勢力，戰爭陰影依舊籠罩全球。為打破僵局，天人組織重啟高達計劃，搭載全新動力系統的00高達由駕駛員剎那?F?清英駕駛重返戰場。本季主要對手除A-LAWS的MS部隊外，新增神秘組織變革者——其首領里馮茲意圖通過量子操縱技術改造人類社會結構。隨著戰斗升級，剎那逐漸理解變革者關于“人類進化”的核心理念，并在最終決戰中突破次元壁壘，與里馮茲展開關于世界存續方式的終極對抗。天人組織通過這次武力介入，促使全球范圍內對暴力統治模式的集體反思，為后續人類自主變革埋下伏筆。