在《機(jī)動(dòng)戰(zhàn)士高達(dá)00第二季》中，故事發(fā)生在天人組織與人類聯(lián)盟軍決戰(zhàn)的四年之后。世界表面由三大國家聯(lián)盟統(tǒng)一為聯(lián)合政府，但實(shí)際權(quán)力被軍方秘密組織A-LAWS掌控。該組織以暴力手段鎮(zhèn)壓一切反政府勢(shì)力，戰(zhàn)爭陰影依舊籠罩全球。為打破僵局，天人組織重啟高達(dá)計(jì)劃，搭載全新動(dòng)力系統(tǒng)的00高達(dá)由駕駛員剎那?F?清英駕駛重返戰(zhàn)場(chǎng)。本季主要對(duì)手除A-LAWS的MS部隊(duì)外，新增神秘組織變革者——其首領(lǐng)里馮茲意圖通過量子操縱技術(shù)改造人類社會(huì)結(jié)構(gòu)。隨著戰(zhàn)斗升級(jí)，剎那逐漸理解變革者關(guān)于“人類進(jìn)化”的核心理念，并在最終決戰(zhàn)中突破次元壁壘，與里馮茲展開關(guān)于世界存續(xù)方式的終極對(duì)抗。天人組織通過這次武力介入，促使全球范圍內(nèi)對(duì)暴力統(tǒng)治模式的集體反思，為后續(xù)人類自主變革埋下伏筆。