西元1999年，一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調(diào)查證實這其實是一艘外星人的宇宙船，之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環(huán)境所造成的破壞（還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實），而組成了統(tǒng)合政府，並由地球統(tǒng)合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰(zhàn)艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS）。人類歷經(jīng)統(tǒng)合派與反統(tǒng)合派國家陣營的分裂，戰(zhàn)爭持續(xù)中馬克羅斯改修仍同步進行。十年後，在舉行正式起用典禮當天，月球軌道突然出現(xiàn)時空跳躍反應，艦上主炮自動發(fā)射擊中外星觀測艦。統(tǒng)合軍被迫接戰(zhàn)，馬克羅斯升空啟航轉(zhuǎn)移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差駕機參戰(zhàn)，救起地球少女林明美並與艦上女軍官早賴未沙結(jié)緣，三人情感糾葛逐漸介入戰(zhàn)事。人類與天頂星人（傑特拉帝）的「第一次宇宙大戰(zhàn)」爆發(fā)，最終統(tǒng)合軍以文化理解取代武力征服，透過林明美歌聲展現(xiàn)人類文化感染力，成功瓦解敵方母艦攻勢。戰(zhàn)爭期間形成的三角關係與文化衝擊，成為終結(jié)宇宙大戰(zhàn)的關鍵契機。