在都市突然消失的異變中，運輸員拓也與唯一幸存者小雪因神秘訊號展開旅程。通過小雪研究"方舟"項目父親留下的坐標信息，兩人穿越荒蕪地帶接近事件核心。途中遭遇的神秘組織不僅掌握著都市消失的真相，更揭示了小雪父親參與研發的"方舟"裝置可能引發時空扭曲的關鍵線索。隨著拓也逐步解開小雪失憶之謎，發現其父為阻止裝置暴走而啟動自毀程序的抉擇。當兩人抵達都市消失原點時，面對組織企圖重啟"方舟"引發更大災難的陰謀，在最后對抗中不得不做出犧牲重要記憶的抉擇。這場跨越時空維度的救援行動，最終以都市數據化消散與關鍵人物意識融合為代價達成平衡。