職于新宿區政府的宮古新意外被調遣至鮮為人知的"夜間地區交流科"，該部門專門處理妖怪引發的超自然事件。在人類常識無法解釋的深夜職場中，他與嚴厲務實的課長榊京一、癡迷超自然現象的后輩姬冢圣央組成三人行動小組，直面都市傳說中的妖怪、幽靈與異界生物。隨著調查"銀蛇事件""貍貓騷動"等案件，宮古逐漸發現新宿區地下存在維系人妖平衡的古老契約，而科室檔案室封存著涉及全國超自然勢力的歷史卷宗。這個被各行政區刻意遺忘的特殊部門，持續在東京23區交界地帶執行著維系現世與異界秩序的隱秘任務。