各務原安曇受青之世界派遣，與Z/X搭檔利蓋爾共同前往富士御崎學園任教。這所為培養對抗異界威脅的特殊人才而設立的女子學校，匯聚了來自五個締結休戰條約異世界的少女們。隨著新生代Z/X覺醒者陸續入學，在看似平常的校園生活表象下，埋藏著代碼重組引發的力量失控危機。安曇與利蓋爾不僅要指導學生們掌握戰斗技巧，更需協助她們化解異世界間的宿怨與矛盾。當往日敵對勢力的暗線重新浮現，少女們為守護同伴而直面宿命，在代碼與靈魂共鳴的戰斗中揭開休戰條約背后的真相。