射手座黃金圣斗士艾歐洛斯為保護轉世女神雅典娜遭雙子座撒卡和摩羯座修拉截擊，臨終前將嬰兒托付給城戶光政（大杉漣配音）。后者以孫女身份撫養女神化身的沙織，同時召喚曾受訓于圣域的星矢（石川界人配音）、紫龍（赤羽根健治配音）等青銅圣斗士重返日本。為清除叛徒血脈，由雙子座撒卡假扮的教皇派遣白銀圣斗士與冥斗士組成刺客軍團，接連對雅典娜展開暗殺。少年們為突破十二黃金宮覲見教皇必須穿越圣域結界，最終在巨蟹座迪斯馬斯克鎮守的死亡皇后島展開首場生死對決。青銅圣衣承載著射手座最后的小宇宙火種，這場跨越十二宮的神圣戰爭將決定雅典娜能否揭穿教皇真面目并重登圣域王座。