為應對日益增長的水上犯罪事件，警視廳成立專門機構「東京水上警察署」。這支新組建的隊伍成員背景迥異：擁有二十年辦案經驗的老刑警碇拓馬（佐藤隆太 飾）擔任隊長，懷抱晉升野心的搜查一課精英日下部峻（加藤成亮 飾）被調派至此，擅長船舶操作的海技專家有馬禮子（山下美月 飾）則負責水上行動支持。面對東京灣與河川中接連發生的走私、劫持等案件，這群價值觀沖突的警務人員在破獲水上兇殺案、解救被困漁民等行動中逐漸磨合，通過解決專業領域差異與協作障礙，最終形成具有高度默契的執法團隊。