《從海底出擊第三季》聚焦年輕U型潛艇官兵在大西洋戰役中的生死冒險，他們既要面對英國海軍指揮官（雷·史蒂文森飾）的圍剿追捕，又被迫執行前往南半球的高危任務。在艦長羅伯特·埃倫貝格（弗蘭茨·丁達飾）冷靜指揮下，官兵們結成緊密同盟，而埃倫貝格本人卻深陷與基爾港年輕寡婦格蕾塔（艾麗莎·施洛特飾）的情感糾葛——后者丈夫因戰爭創傷精神崩潰，使這段關系充滿道德困境。與此同時，在基爾后方基地，威廉·霍夫曼上校的女兒漢妮（路易斯·沃爾夫勒姆飾）困于與冷酷指揮官阿爾布雷希特·萊辛（弗洛里安·潘澤納飾）的無愛婚姻，卻在邂逅潛艇指揮官舒爾茨（皮埃爾·基維特飾）后陷入危險情愫。劇情另一主線發生在中立國里斯本，逃亡者、間諜與罪犯交織的復雜環境中，哈根·福斯特（湯姆·弗拉席亞飾）意外揭露納粹高層劫掠黃金的陰謀，這段發現連同他在東線戰場的黑暗記憶，迫使他重新審視自身道德立場。隨著調查深入，他與經歷巨變后性情大異的克勞斯·霍夫曼（里克·奧肯飾）在層層陰謀中交匯，最終兩條線索在改變戰爭走向的驚險終局中匯合。