一年戰爭已告一段落的三年后,基于地球聯邦軍重建計劃而被提議的“高達開發計劃”開始執行,其中的兩臺原型機 -78 01與 -78 02 為了實施性能測試而
長き眠りから目覚めた妖魔帝國が地上征服に動き出した。古代ムー帝國の血を受け継ぐひびき洸(あきら)は、ムーの守護神「ライディーン」と一體化し化石獣と戦うのだった。